Choisir un logiciel de comptabilité-facturation pour une holding, ce n’est pas simplement “prendre le même que pour l’opérationnelle d’à côté”. Une holding, ça consolide, ça refacture, ça distribue des dividendes, ça gère des conventions de trésorerie et, parfois, ça sert aussi de gymnase à montages fiscaux plus ou moins sophistiqués. Autrement dit : ses besoins ne sont pas ceux d’une TPE classique.
Dans cet article, on va passer au crible les grandes familles de logiciels adaptés aux holdings, ce qu’il faut impérativement regarder avant de signer un contrat (ou de bloquer trois mois de votre vie dans une migration), et quelques recommandations pratiques selon que vous êtes holding animatrice, familiale, de LBO ou simple “boîte qui détient des parts”.
Les spécificités d’une holding côté compta et facturation
Avant de comparer les logiciels, il faut regarder la bête en face : qu’est-ce qui rend une holding “comptable-ment” différente d’une société d’exploitation classique ?
Quelques particularités qui vont fortement orienter votre choix :
- Beaucoup d’écritures intra-groupe : dividendes, remontées de cash, prêts intra-groupe, refacturations de charges (management fees, quote-part de frais de siège…), plus-values de cession de titres… Le logiciel doit permettre de suivre finement ces flux.
- Besoin de vision consolidée : même sans aller jusqu’aux comptes consolidés IFRS, vous avez souvent besoin d’une vue “groupe” : trésorerie globale, endettement, remontée des résultats, etc.
- Suivi des conventions intra-groupe : conventions de gestion, conventions de trésorerie, accords de facturation de services intragroupe. Il faut pouvoir tracer qui facture quoi à qui, sur quelle base.
- Arbitrage entre holding passive et animatrice : dès qu’on passe dans l’animation de groupe (facturation de services, pilotage opérationnel), le volume de factures augmente, de même que l’exposition aux contrôles fiscaux sur les prix de transfert.
- Contrôle fiscal et piste d’audit fiable : la holding est souvent au centre des montages ; elle intéresse tout particulièrement l’administration. Avoir un logiciel propre, traçable, avec une piste d’audit fiable bien documentée, ce n’est pas un luxe.
Traduction : un bon logiciel pour holding n’est pas forcément celui avec le plus de fonctions gadgets, mais celui qui gère correctement les flux financiers et capitalistiques du groupe… sans vous obliger à passer vos week-ends dans Excel.
Les critères essentiels pour choisir un logiciel pour holding
Voici les points clés à examiner, très concrètement, avant de sortir la carte bancaire (ou de signer un bon de commande de 20 pages).
- Multi-dossiers et gestion de groupe
Votre holding a rarement une seule filiale. Le logiciel doit pouvoir gérer facilement plusieurs sociétés :- création de dossiers multiples (holding + filiales) sans coûts délirants par entité,
- paramétrage de plans comptables proches mais distincts,
- rapprochement simplifié entre comptes réciproques (courants intra-groupe).
- Consolidation et reporting
On ne demande pas forcément un module de consolidation IFRS complet, mais au minimum :- des exports fiables vers Excel ou un outil de consolidation,
- des états de type “vue groupe” (agrégation simple des balances),
- la capacité de filtrer les flux intra-groupe.
- Facturation intra-groupe et prix de transfert
Pour une holding animatrice :- création et suivi de grilles tarifaires de management fees,
- facturation récurrente simple (mensuelle, trimestrielle),
- possibilité de documenter la logique (commentaires, pièces jointes), utile pour justifier vos prix de transfert.
- Flux de trésorerie et conventions de cash-pooling
Si la holding gère la trésorerie du groupe :- suivi des comptes courants d’associés et intra-groupe,
- calcul et imputation automatique des intérêts (si conventions),
- vision claire des soldes par entité et au niveau global.
- Préparation à la facturation électronique obligatoire
Avec la réforme de la facturation électronique (reportée mais bien réelle), vérifiez :- que l’éditeur est positionné comme PDP ou au minimum connecté aux futures plateformes,
- que le logiciel génère des factures structurées (UBL, Factur-X, etc.),
- que la gestion des flux inter-entreprises (B2B) est correctement pensée.
- Relation avec l’expert-comptable
Sauf si vous avez un DAF + un service comptable interne, la collaboration avec l’expert-comptable est centrale :- accès collaboratif en ligne,
- exports au bon format (FEC, balance, journaux),
- droits différenciés : vous saisissez / il révise et valide.
- Traçabilité et aspects juridiques
La holding est souvent le point de focalisation en cas de contrôle :- traçabilité des écritures (qui a fait quoi, quand),
- archivage des pièces justificatives (conventions, AG, contrats de prêts, etc.),
- respect des exigences de la piste d’audit fiable.
Les grandes familles de logiciels pour une holding
En pratique, une holding a trois grands types d’options :
- Les logiciels de compta-facturation en ligne “modernes” (SaaS)
Idéals pour les holdings petites à moyennes, qui veulent un bon compromis entre autonomie, simplicité et collaboration avec l’expert-comptable. - Les solutions plus “lourdes” type ERP ou suites comptables historiques
Adaptées aux groupes structurés, multi-filiales, avec des besoins de consolidation et de contrôle interne plus avancés. - Le duo : la holding sur un outil simple + la consolidation entre les mains de l’expert-comptable
Dans beaucoup de groupes, la solution pragmatique consiste à garder la compta courante et la facturation sur un outil lisible, et à laisser l’expert-comptable gérer consolidation, retraitements et normes spécifiques.
Passons maintenant à un comparatif ciblé sur quelques solutions bien connues du marché français.
Panorama de solutions adaptées aux holdings
Les besoins ne sont pas les mêmes selon que vous êtes une holding familiale de 3 SCI ou un véhicule de LBO avec 8 filiales industrielles. Voici un tour d’horizon rapide, avec un focus sur l’adéquation au contexte “holding”.
Solutions SaaS orientées PME et holdings agiles
Pennylane
- Points forts :
- Plateforme collaborative pensée pour le binôme dirigeant / expert-comptable.
- Bonne gestion de la facturation, rapprochements bancaires automatisés.
- Multi-dossiers possible : idéal pour gérer plusieurs sociétés du groupe sur la même interface.
- Stockage des pièces, workflow fluide : pratique pour tracer les conventions et AG.
- Limites pour une holding :
- Pas un outil de consolidation au sens strict : utile pour agréger des infos, mais pas pour sortir des comptes consolidés normatifs.
- Nécessite souvent un expert-comptable partenaire pour exploiter tout le potentiel.
- Profil idéal : holding de petite ou moyenne taille, qui veut centraliser la compta de la holding + 2/3 filiales, avec un expert-comptable proactif.
Sellsy
- Points forts :
- Très bon pour la facturation et la gestion commerciale (CRM intégré).
- Intéressant pour une holding animatrice qui facture beaucoup de prestations aux filiales.
- Interface claire, pensée pour des équipes non-financières.
- Limites pour une holding :
- Moins orienté “compta groupe” ; la partie comptable est plus légère que chez certains concurrents.
- Moins adapté si votre priorité est la technique comptable, plus que la facturation.
- Profil idéal : holding animatrice qui joue vraiment un rôle de “siège” opérationnel, avec besoin de suivre les relations commerciales avec les filiales (ou des tiers externes).
Axonaut / Evoliz & co.
- Points forts :
- Simplicité d’utilisation, facturation rapide, gestion des notes de frais.
- Tarifs accessibles, pratique pour une petite holding familiale.
- Multi-sociétés souvent possibles, avec une interface épurée.
- Limites pour une holding :
- Pas pensés pour la consolidation ou les montages un peu sophistiqués.
- Moins de profondeur comptable que les solutions historiques (reportings groupe limités).
- Profil idéal : petite holding de gestion, quelques factures par an, peu de complexité, priorité à la simplicité.
Solutions historiques / ERP pour groupes structurés
Sage 100 / Sage FRP
- Points forts :
- Une référence solide pour les groupes, avec gestion fine des plans comptables.
- Modules consolidation et reporting financier avancés (surtout en version FRP ou associée à des outils Sage de consolidation).
- Très adapté aux flux intra-groupe, à la gestion multi-sociétés, à la production d’états de synthèse complexes.
- Limites pour une holding :
- Mise en place plus lourde, besoin d’intégrateur ou de ressources comptables internes structurées.
- Surdimensionné pour une petite holding : coûts, temps de paramétrage, maintenance.
- Profil idéal : holding de groupe significatif (CA consolidé élevé, nombreuses filiales), avec un DAF ou un responsable financier en interne, voire une équipe comptable.
Cegid (Loop, XRP, etc.)
- Points forts :
- Solutions complètes pour la comptabilité, la gestion et parfois la consolidation.
- Forte présence sur le marché français, intégrations avec de nombreux cabinets.
- Capacité à gérer le multi-sociétés, des règles complexes et des reports sur-mesure.
- Limites pour une holding :
- Comme Sage, peut être trop lourd et trop cher pour une structure simple.
- Courbe d’apprentissage non négligeable pour les non-financiers.
- Profil idéal : holding de taille intermédiaire ou grande, avec plusieurs BU, qui veut structurer un vrai système d’information financier.
QuickBooks, Xero & similaires
- Points forts :
- Très agréables à utiliser, particulièrement pour les flux courants, la facturation et la banque.
- Rapides à mettre en place, bonne ergonomie.
- Limites pour une holding :
- Moins intégrés dans l’écosystème des experts-comptables français que les acteurs historiques.
- Pas spécialement pensés pour les problématiques de groupe et de consolidation.
- Profil idéal : holding très orientée “business international” ou dirigeant déjà familier de ces outils, avec un expert-comptable à l’aise avec ces environnements.
Cas pratiques : quel logiciel selon le type de holding ?
Plutôt que de parler dans l’absolu, regardons quelques profils typiques de holdings et le type de solution qui fait sens.
Holding familiale de détention (immobilière ou patrimoniale)
- Peu de factures clients, essentiellement :
- dividendes reçus,
- frais de fonctionnement,
- quelques conventions de gestion ou refacturations éventuelles.
- Besoins principaux :
- simplicité,
- suivi des comptes courants d’associés,
- collaboration fluide avec l’expert-comptable.
- Logiciels adaptés :
- Axonaut, Evoliz, Pennylane (si vous voulez un peu plus de puissance),
- ou même un accès direct au logiciel de votre expert-comptable si celui-ci propose un portail moderne.
Holding animatrice avec facturation de services aux filiales
- Volume de factures plus important (management fees, prestations administratives, IT, marketing, etc.).
- Risque fiscal plus marqué sur les prix de transfert et la réalité des services rendus.
- Besoins principaux :
- facturation récurrente bien huilée,
- gestion des grilles de refacturation par filiale,
- documentation des conventions (pièces jointes, commentaires),
- vision claire des marges et de la répartition des charges.
- Logiciels adaptés :
- Sellsy si la dimension “relation client interne” (les filiales) est importante,
- Pennylane pour un pilotage financier plus global,
- ou un Sage/Cegid si le groupe commence à être structuré et surveillé de près.
Holding de LBO ou holding d’investissement avec plusieurs filiales
- Multiplication des flux financiers : dettes, covenants bancaires, remontées de dividendes, management packages.
- Critique : produire du reporting groupe régulier et fiable (pour les investisseurs, banques, fonds).
- Besoins principaux :
- multi-sociétés poussé,
- rapports consolidés réguliers (mensuel/trimestriel),
- gestion pointue de la dette et des intérêts,
- capacité à sortir des vues par périmètre (par sous-groupe, par segment).
- Logiciels adaptés :
- Sage 100 + outil de consolidation dédié,
- Cegid + module consolidation ou solution associée,
- ou un duo : logiciels simples dans les filiales + consolidation gérée par un cabinet spécialisé, avec exports propres.
Groupe en croissance externe rapide
- Vous rachetez des sociétés régulièrement, avec des systèmes existants hétérogènes.
- Besoins principaux :
- capacité d’intégration de nouveaux dossiers facilement,
- flexibilité pour absorber différents plans comptables,
- standardisation progressive vers un référentiel groupe.
- Logiciels adaptés :
- solutions type Sage / Cegid avec un vrai projet SI,
- ou une plateforme SaaS solide (Pennylane, par exemple) pour centraliser progressivement, si la taille du groupe reste raisonnable.
Quelques points juridiques et fiscaux à ne pas oublier
Un logiciel ne remplace pas un avocat fiscaliste (hélas pour votre budget, heureusement pour leur métier), mais il peut grandement vous faciliter la vie sur plusieurs aspects sensibles :
- Conventions intra-groupe :
- classez et attachez systématiquement les conventions de trésorerie, conventions de gestion, contrats intragroupe aux écritures correspondantes,
- veillez à ce que les factures reflètent fidèlement ces conventions (montant, périodicité, assiette de calcul).
- Piste d’audit fiable :
- optez pour un logiciel permettant de relier chaque facture ou écritures significatives à sa pièce justificative,
- formalisez vos procédures (validation, émission, archivage), surtout pour les flux intra-groupe.
- Intégration fiscale :
- si votre groupe est en intégration fiscale, assurez-vous que votre logiciel ou votre process permet de remonter facilement les résultats individuels,
- prévoyez des exports propres pour le cabinet qui gère les liasses.
- Préparation aux contrôles :
- privilégiez un logiciel capable de sortir rapidement un FEC propre,
- organisez vos comptes pour distinguer clairement les flux intra-groupe (dividendes, management fees, intérêts, refacturations),
- documentez vos schémas (commentaires sur les écritures clés), c’est précieux le jour où quelqu’un en face de vous remonte cinq ans en arrière.
Comment trancher concrètement entre plusieurs solutions ?
Pour finir de départager les candidats, sortez du discours commercial et rentrez dans le concret. Quelques tests utiles :
- Scénario “vrai” de votre holding :
- faites jouer au commercial le film réel d’un mois type : réception de dividendes, facturation de management fees, remboursement de compte courant, prêt intragroupe, AG et distribution,
- regardez où ça coince, où il ouvre Excel, où il botte en touche.
- Multi-sociétés en conditions réelles :
- demandez à voir comment ajouter une deuxième, troisième, dixième société,
- posez la question des coûts par entité supplémentaire (c’est parfois là que la facture explose).
- Collaboration avec l’expert-comptable :
- imposez que votre expert-comptable donne son avis avant de signer,
- privilégiez une solution qu’il maîtrise déjà… ou qu’il a envie d’adopter (nuance importante).
- Sortie de données :
- testez les exports : FEC, balances, journaux, fichiers pour la consolidation,
- vérifiez que vous n’êtes pas prisonnier d’un écosystème fermé.
- Marge de manœuvre future :
- projetez-vous à +3/+5 ans : plus de filiales ? intégration fiscale ? obligations de facturation électronique ?
- choisissez un logiciel qui ne sera pas à jeter au premier palier de croissance franchi.
En résumé : pour une holding, le bon logiciel de comptabilité-facturation n’est pas forcément le plus “bling-bling”, mais celui qui gère proprement vos flux intra-groupe, parle la même langue que votre expert-comptable et reste aligné avec vos ambitions (patrimoniales ou conquérantes). Le plus important reste ce trépied : un outil adapté, des process documentés et des conseils juridiques/fiscaux solides. Le logiciel n’est que la pièce centrale… du puzzle, pas de la déco.
